新冠肺炎疫情再次发生以来，全国各级生态环境部门按照党中央国务院统一部署，做守土有责、守土担责、守土品行，严肃作好空气、地表水，特别是在是饮用水水源地等生态环境质量监测工作。生态环境部第一时间印发《关于作好应付新型冠状病毒病毒感染肺炎疫情生态环境应急监测工作的通报》，拒绝充分发挥水、空气自动车站的监测预警起到，指导各地积极开展空气、地表水，特别是在是饮用水水源地等生态环境质量监测工作，确保防疫期间生态环境质量安全性。针对疫情防控过程有可能不存在的过度用于消毒剂的情形，拒绝在饮用水水源地常规监测指标基础上，减少余氯等特征指标监测。
实施涉及技术文件，规范应急监测和疫情防水拒绝，指导各地因应有关部门作好医疗废水、污水处理设施入水水质的监督性监测。地方各级生态环境部门按照统一部署，在当地疫情防控领导小组统一指挥下，制订应急监测方案，严肃作好行政区域内饮用水水源地、定点医疗机构、涉及污水处理设施等监测，并将监测结果及时对系统有关单位和部门，指导作好污水处理、消毒等防疫处理工作。337个地级以上城市空气自动监测结果表明，2020年2月1日至19日，337个地级及以上城市平均值优良天数比例为87.1%，比去年同期下降9.3个百分点。1601个国家网水质自动车站监测结果表明，2020年2月1日至19日，全国地表水Ⅰ～Ⅲ类水质断面比例为87.3%，Ⅳ类和Ⅴ类断面比例为10.8%，差Ⅴ类断面比例为1.9%，与去年同期相比基本保持稳定。
总计对6900余个饮用水水源地积极开展的监测结果表明，2020年2月1日至19日，并未找到不受疫情影响饮用水水源地水质的情况。其中，对994个饮用水水源地积极开展了余氯监测，7个饮用水水源地余氯有检测，浓度高于自来水厂入水标准，其它饮用水水源地余氯皆并未检测。湖北省饮用水水源地水质全部合格，其中，武汉市长江纱帽（左）、汉江宗关、长江杨泗港、长江沌口、汉江琴口等主要饮用水水源地水质皆高于《地表水环境质量标准》（GB3838-2002）Ⅲ类标准限值。饮用水水源地水质总体并未不受疫情影响。
2020年2月1日至20日，全国各省级生态环境部门皆的组织对重点地区定点医疗机构、城镇污水处理设施的入水水质积极开展了监督性监测。其中，武汉市对火神山医院、同济医院、协和医院等63家定点医院的污水处理设施入水水质积极开展了监测。
监测结果表明，定点医疗机构污水处理设施入水余氯浓度基本合乎《医疗机构水污染物排放标准》（GB18466-2005）限值，城镇污水处理设施入水余氯皆有检测。总体来看，全国城市环境空气、地表水、饮用水水源地环境质量保持稳定，生态环境质量并未不受疫情影响。
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